Добрый день Антон!
В соответствии с Административным регламентом МВД РФ по предоставлению государственной услуги по регистрации автомототранспортных средств и прицепов к ним, в ГИБДД могут отказать в регистрации транспортного средства, если обнаружены признаки изменения идентификационных номеров узлов и агрегатов, в том числе и двигателя за исключением транспортных средств с изменой маркировкой в результате естественного износа и ремонта. То есть, если меняете старый двигатель на новый с теми же характеристиками, то ехать в ГИБДД не нужно, так как двигатель уже несколько лет является по сути запчастью и его номер не вносится в ПТС. После установки нового аналогичного двигателя владелец может не обращаться в ГИБДД по новым правилам. Даже вносить новый номер в паспорт транспортного средства уже не надо. Все необходимые изменения будут внесены при регистрации автомобиля в случае смены собственника. В ПТС будет поставлена специальная отметка о замене двигателя, где и будет указан новый номерной знак агрегата.
Если меняете на контрактный двигатель другой модификации, то вот тогда такое оформление необходимо.