Здравствуйте!
Так и прописывайте в договоре, что определенная сумма отдается в момент заключения договора купли-продажи, оставшаяся сумма будет выплачена в течение определенного времени. Квартира при этом будет у Вас в залоге до полной оплаты по договору.