Имею ли я право оплачивать аренду как физ. лицо или как самозанятый.

На кого заключен договор тот и оплачивает, никакой разницы нет.

Как самозанятый Поскольку расходы при самозанятости - не учитываются... Физлицо арендующее имущество для извлечения прибыли обязано зарегистрироваться и платить налоги.