Смена директора - кто несет ответственность за недостачу в магазине после подписания договора о материальной ответственности?

Да, конечно будете. Договор Вы подписываете не с директором, а с компанией, в лице её директора. Компания сама по себе сущность такая, что сама ничего делать не может, ее как бы в материальном мире нет. Она действует через своего представителя, которым является директор. И кто на данный момент директор — не важно, важно что договор действует, компания не ликвидирована, ведет деятельность.

Добрый день! Вы заключали договор не с директором, а с организацией. Смена руководителя организации не делает договор не действительным.

Безусловно будете. Директор - это лицо, которое представляет организацию. Но вашим работодателем является организация. Договор о материальной ответственности вы заключали с организацией.