Как разделить приобретенное с использованием материнского капитала жилье несовпадающими долями на членов семьи? Противоречит ли такое разделение законодательству?

Такого ещё не было ни разу. Мат. капитал всегда делился в равных долях. Возможно ваша семья станет первой. Есть оговорка. Что, покупатель может быть и один, но тогда в течение 6 месяцев после регистрации сделки он обязан наделить долями членов семьи – супруга (супругу) и детей. Вот тогда и делите, как вам всем удобно. Никакой ответственности за то, что не наделил долями близких, собственник жилья не несёт.