Оформят ли мне машину на рос. номера, если Vin кузова не совпадает с номером двигателя, (ПТС-нету, на руках только стс)?

Без ПТС вам вообще автомобиль не поставят на учет. Да и документы, подтверждающие смену двигателя нужны.

Нужно будет проводить экспертизу, доказывать, что машина не "криминальная"

по приезду в ГИБДД вам все подробно расскажут.