Как правильно составить исковое заявление по ст. 208 ГПК и ст. 395 ГК - вместе или раздельно? И с какой даты начать процесс?

208 ГК РФ это не исковое заявление, а просто заявление об индексации присужденных сумм. Там нет спора.

395 ГК РФ это % за пользование чужими денежными средствами, и используется она именно в ходе искового производства о взыскании суммы задолженности.

Это два разных дела.

Подавайте заявление об индексации присужденных сумм с даты вступления решения суда в законную силу.

Заявление об индексации подается в то же дело по идее это не иск, со дня вынесения оно по практике индексируется. По 395 надо писать новый иск, как там считать зависит от обстоятельств дела и прошлого решения, надо смотреть, что там ранее взыскивалось.