Здравствуйте, Александр!
Как следует из Закона Российской Федерации от 21 июля 1993 года N 5485-1 "О государственной тайне", постановления Правительства Российской Федерации от 18 сентября 2006 года N 573 "О предоставлении социальных гарантий гражданам, допущенным к государственной тайне на постоянной основе, и сотрудникам структурных подразделений по защите государственной тайны" выплата ежемесячной процентной надбавки к должностному окладу прекращается со дня, следующего за днем освобождения от замещаемой должности, прекращения допуска, освобождения от работы на постоянной основе со сведениями, составляющими государственную тайну.
В соответствии с пунктом 6 Разъяснения о порядке выплаты ежемесячных процентных надбавок гражданам, допущенным к государственной тайне на постоянной основе, и сотрудникам структурных подразделений по защите государственной тайны, утвержденного приказом Минздравсоцразвития РФ от 19.05.2011 N 408 н "О порядке выплаты ежемесячных процентных надбавок гражданам, допущенным к государственной тайне на постоянной основе, и сотрудникам структурных подразделений по защите государственной тайны" процентная надбавка за работу со сведениями, составляющими государственную тайну, не выплачивается:
гражданам, освобожденным от занимаемых должностей;
гражданам, в отношении которых допуск к государственной тайне на постоянной основе прекращен;
гражданам, освобожденным от работы на постоянной основе со сведениями, составляющими государственную тайну, приказом (распоряжением, указанием);
гражданам, находящимся в отпуске по уходу за ребенком до достижения им установленного возраста;
военнослужащим и лицам рядового и начальствующего состава, находящимся в распоряжении соответствующих командиров (начальников).
Пенсионным законодательством Российской Федерации выплата интересующей Вас надбавки не предусмотрена.