Я прапорщик, меня солдат обвиняет что я его ударил, но такого не было! Дело передали в прокуратуру!

Виновность устанавливает не следователь или прокурор, а суд.

Помимо заявления самого военнослужащего, факт нанесения побоев должен подтверждаться иными доказательствами: свидетелями, медицинским заключением, фото или видеоматериалами. Если вы действительно не наносили военнослужащему побои, то вам нечего опасаться. Согласно норм ст. 1.5 КоАП РФ и ст. 14 УПК РФ, вы не обязаны доказывать свою невиновность в совершении правонарушения (преступления). В военной прокуратуре честно и открыто расскажите, как было дело.