Муж решает подать на пение о неуплате алиментов, жена перечисляет часть суммы - будет ли отказано в иске?

Нет она не права, начисляйте пени с порядке предусмотренном ст. 115 Семейного кодекса РФ и подавайте в суд исковое заявление.

Часть 1 ст. 115 СК РФ При образовании задолженности по вине лица, обязанного уплачивать алименты по соглашению об уплате алиментов, виновное лицо несет ответственность в порядке, предусмотренном этим соглашением.

Часть 2 ст. 115 СК РФ При образовании задолженности по вине лица, обязанного уплачивать алименты по решению суда, виновное лицо уплачивает получателю алиментов неустойку в размере одной десятой процента от суммы невыплаченных алиментов за каждый день просрочки.

Размер неустойки за несвоевременную уплату алиментов может быть уменьшен судом с учетом материального и (или) семейного положения лица, обязанного уплачивать алименты, если подлежащая уплате неустойка явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства по уплате алиментов.

Михаил Иванович, Вы вправе обратиться в суд с иском о взыскании неустойки по алиментам, несмотря на "отговорки" жены...

Вместе с тем, неустойка может быть снижена... неустойка взыскивается только при наличии вины должника...

обратитесь к юристу за ведением дела в суде.