Как доказать в суде, что я проживал с женой 3 года, ведь прописан там не был.

Приглашайте в суд свидетелей, приобщайте к материалам дела фото материал, возможно видео, такие обстоятельства может подтвердить участковый, мед персонал, УК.

В суде вы можете ссылаться на свидетельские показания (например, показзния соседей), на письменные доказательства (квитанции об оплате комм. Услуг), вещественные доказательства (полученные по месту регистрации заказные письма или теллеграммы) и т.п.

Всё вышеуказанное в совокупности оценивается судом и делается вывод о фактическом проживании лица.