Возможно ли указать в договоре купли-продажи квартиры Свидетельство о регистрации права в качестве документа-основания, несмотря на отсутствие юридической силы?

Вы правильно рассуждаете. Более того, Свидетельство никогда не было правоустанавливающим документом, а лишь правоподтверждающим. В договоре делается ссылка на № записи о госрегистрации (причем это не номер свидетельства) и дату ее внесения в ЕГРН. Но это также не документ-основание. Правоустанавливающим будет являться тот документ, на основании которого продавец стал собственником квартиры, например: свидетельство о праве на наследство; договор купли-продажи; договор о предоставлении в собственность (приватизация) и т.п.).

Абсолютно согласен с коллегой, перед сделкой необходимо по Вашему усмотрению заказать выписку из ЕГРП (госпошлина 390 руб.), где указан правообладатель квартиры, обременения и т.д.