Идет ли льготный стаж учителю, в сельской местности, если он на не полной ставке (16 часов)

Да, достаточно 1 часа. "Работа в должности учителя расположенных в сельской местности общеобразовательных школ всех наименований (за исключением вечерних (сменных) и открытых (сменных) общеобразовательных школ) включается в стаж работы независимо от объема выполняемой учебной нагрузки." (п.6 Постановления Правительства РФ от 29.10.2002 N 781).