Вам нужно ознакомиться со сметной документацией. Если в смете на капитальный ремонт указана строка вывоз старых труб, то подрядчик обязан данное действие исполнить.
Безусловно, это ваша собственность, даже за нее отчитываться придется, как за металалом. Вы посмотрите в договоре, там же только замена труб, а не указана утилизация старых.