Здравствуйте! Да, только через нотариуса. В настоящее время все сделки с долями подлежат обязательному нотариальному удостоверению.
Согласно п.1 ст.42 Федерального закона N 218-ФЗ нужно заверить (удостоверить) договор дарения доли у нотариуса, а потом подать его в МФЦ.