Оплатила госпошлину по замене паспорта в 20 лет в МФЦ, но меня направили в УФМС. Госпошлину снова надо платить в УФМС?

Нет, просто предоставьте квитанцию в уфмс о том, что гос пошлина оплачена вместе со всем пакетом документов и все. Реквизиты у них должны быть однинаковые.