Если будут подобные ситуации повторяться, возможно обратиться с жалобой?

отец не должен платить налог, обратитесь с жалобой

Он ничего платить не должен, темболее справка об отсутствии задолженности есть. Из практики могу сказать, что многим приходят мнимые задолженности, а когда люди приходят в налоговую им подтверждают, что долгов у них нет. И наоборот тот, кто должен не может заплатить, потому что его документы несколько лет до налоговой не доходят, а если он их сам приносит, то они теряются. У них какой-то вечный сбой и неразбериха между отделами. Т.ч. не беспокойтесь, если в следующем году вам опять что-то придет для собственного успокоения можете в налоговую сходить и удостовериться, что вы ничего не должны.