Можно ли провести экспертизу подписи по копии договора, заверенной судьёй в гражданском суде? Спасибо.

Экспертизу провести можно. Действующее законодательство не запрещает проводить почерковедческую экспертизу на основании копий документов (ст. 71 ГПК РФ).

Да, можно. Поскольку в соответствии с ч.2 ст. 71 ГПК РФ:

Письменные доказательства представляются в подлиннике или в форме надлежащим образом заверенной копии.

Подлинные документы представляются тогда, когда обстоятельства дела согласно законам или иным нормативным правовым актам подлежат подтверждению только такими документами, когда дело невозможно разрешить без подлинных документов или когда представлены копии документа, различные по своему содержанию. Если копии документов представлены в суд в электронном виде, суд может потребовать представления подлинников этих документов.