Как и когда забрать украинский паспорт из ФМС при нахождении в РФ?

Заблаговременно. Имейте ввиду, что после получения национального паспорта обратно Ваш миграционный статус прекратится (по убежищу). Соответственно, нахождение в России без законного основания может быть чревато последствиями. В этой связи рассчитайте свое время на оформление выезда так, чтобы не допустить нарушение порядка пребывания в РФ. Более того, обращаю Ваше внимание, что временное убежище можно продлить, при желании.