Прошло более 3 месяцев после обыска, а вещи все еще не возвращены. Как вернуть хотя бы телефон?

Должны были вернуть, когда выходили с отдела.

Возможно приобщение в качестве доказательства. Либо безалаберность или беззаконие.

Подавайте заявление следователю, затем в прокуратуру - пусть разъясняют.

Ст.119 УПК -

...иное лицо, права и законные интересы которых затронуты в ходе досудебного или судебного производства, вправе заявить ходатайство о производстве процессуальных действий или принятии процессуальных решений для установления обстоятельств, имеющих значение для уголовного дела, обеспечения прав и законных интересов лица, заявившего ходатайство, либо представляемых им лица или организации.

ст.120 УПК -

1. Ходатайство может быть заявлено в любой момент производства по уголовному делу. Письменное ходатайство приобщается к уголовному делу, устное - заносится в протокол следственного действия или судебного заседания.