У меня в миграционном листе стоит дата окончания прибытия 06.07.18 а вылетаю я 07.07.18 будут проблемы.

Формально это является основанием для привлечения к ответственности в виде административного штрафа. Как правило, запрет на въезд при этом не выставляется. Однако будьте осмотрительны, если в дальнейшем планируете легализоваться в России на более длительный срок.