Здравствуйте!
Если была более трех лет, то налога не будет на основании ст. 217 НК РФ. К Вам новые правила по 5 годам не применяются.
Если Вы стали собственником квартиры до 01 января 2016 года, то налог будет рассчитываться по той сумме, которая будет указана в договоре с вычетом 1000000 рублей. Для оптимизации налога Вы можете сумму указать до 1000000 рублей. Но это может быть чревато негативными последствиями в виде уголовной ответственности за уклонение от уплаты налогов.
Смотря когда купили и прошло ли 3 года. Норма о 5 годах действует с 1 января 2016 года. Если купили до этой даты, то если продаете раньше минимального срока владения (предусмотренного статьей 217.1 НК РФ), то налог (НДФЛ) 13% платится с разницы между продажной ценой и налоговым вычетом, который равен максимальному из двух значений: 1 млн. руб. (пп.1 п.2 ст.220 НК РФ) либо фактическим документально подтвержденным затратам на приобретение (пп.2 п.2 ст.220 НК РФ).
Если купили после 1 января 2016 года, то налог как минимум считается с 70% кадастровой стоимости минус налоговый вычет.