Нужно ли прилагать протокол судебного заседания при подаче замечаний на протокол апелляционного суда?

Нет. протокол судебного заседания прилагать не надо. Только сами замечания.

1. Замечания на протокол рассматривает подписавший его судья - председательствующий в судебном заседании, который в случае согласия с замечаниями удостоверяет их правильность, а при несогласии с ними выносит мотивированное определение об их полном или частичном отклонении. Замечания приобщаются к делу во всяком случае.

2. Замечания на протокол должны быть рассмотрены в течение пяти дней со дня их подачи.