Требуется ли уведомлять ФМС о выплате заработной платы сотруднику ВКС, получившему ВНЖ?

Нет не нужно, так как ВНЖ в соответствии с 115-ФЗ дает право иностранному гражданину осуществлять трудовую деятельность и разрешения на работу ему не нужно. Но советую Вам расторгнуть по соглашению сторон трудовой договор который был заключен с ним как с ВКС и уведомить об этом миграцию после чего заключить новый трудовой договор как с ВНЖ. и тоже в течении трех рабочих дней уведомить об этом миграцию. У миграции отпадет желание привлечь Вас к административной ответственности. Виза ВКС является документом подтверждающим право пребывание ИГ на территории РФ но после получения ВНЖ она становится фактически недействительна так как теперь документом подтверждающим право пребывания является ВНЖ.