С иском о выселении или с иском о признании утратившими право пользования жилым помещением следует обратиться в суд. На основании решения суда снять с регистрационного учёта.
В данном случае необходимо подать исковое заявление в суд об утрате/прекращении права пользования жилым помещением согласно ст. 131-132 ГПК РФ. Размер пошлины равен 300 рублей. На основании решения суда УФМС снимет ответчика с регистрационного учета.