Будут. В паспорте должна быть фамилия такая, какая в свидетельстве о рождении. Если в свидетельстве допущеа ошибка, то сначала нужно заменить свидетельство, а затем паспорт.
Виктор, здравствуйте! Важную роль в данном вопросе занимает Ваше свидетельство о рождении. В любом случае, если имеются ошибки (описки) в документах, их целесообразнее исправить.
Практика по данному случаю исходит из того что на основании правила написания буква е и буква ё приравнивается. Написание буквы е вместо буквы ё и наоборот в фамилии имени отчестве не искажает данных владельца документов.
Да, это может послужить основанием отказа нотариуса в совершении нотариального действия. В этой связи Вы вправе устранить несоответствие путем получения новых документов либо обратиться в суд с заявлением об установлении родства.