Можно ли подписывать договор поставки товара факсимильной печатью (подпись руководителя) Будет ли иметь юридическую силу.

Да, конечно можно! Но в договоре необходимо прописать, что факсимиле имеет юридическую силу! При этом в любом случае, необходимо чтобы стороны договора в последующем предоставили друг другу подлинники!

По закону - нет (подписать должно уполномоченное лицо, а такие обстоятельства: кто именно поставил факсимиле и кому оно принадлежит, читал ли директор договор вообще, подтверждения не имеют).

А по факту - да (кроме Вас самих никто не вправе оспаривать подпись Вашего директора)

Предыдущий ответ в корне неправильный. Потому-что, если есть спор о заключенности договора, то нельзя ссылаться на его условия. И, какими подлинниками нужно Вам обменяться, я не понял.