Доброго времени суток. Да, должны, поскольку вы не являетесь штатным заместителем вам должны доплатить разницу между вашей зарплатой и зарплатой заведующей. Всего вам доброго.
Оплата за замещение должна оформляться соответствующим приказом, с которым вас должны ознакомить, когда вы приступали к исполнению обязанностей заведующей.