Можно ли на участке ижс построить только гостевой домик. Если постройка основного дома не возможно по СНиПу.

Можно, просто не оформляйте его и все. Думаю врятли кто то с Вами из за этого судиться будет. Но если дело дойдет до суда, то незаконную постройку могут снести.

Можно построить на свой страх и риск что угодно на принадлежащем Вам земельном участке. Но знайте, что районная администрация может обратиться в суд с иском о сносе самовольно возведенного строения. И суд, скорее всего, такой иск удовлетворит.