Добрый день.
1) бухгалтерскую отчетность компании за весь период деятельности
2) выписки по расчетным счетам организации открытые в банках за весь период начиная с даты открытия счета и сравнить показатели выписок с сдаваемой бухгалтерской отчетностью.
3) запросить справку об отсутствии задолженности перед бюджетом (делает продавец, запрашивает в налоговой, и фондах)
4) установить правомочность лица продающего компанию (убедится в том что он ее действительный владелец, это можно сделать бесплатно на сайте egrul.nalog.ru)
5) проверить на сайте Арбитражного суда имеются ли дела в отношении данной компании
6) можно посмотреть на сайте ФССП имеются ли исполнительные производства на эту компанию
7) проверить комплектность учредительных документов и изменений к ним если таковые имелись за период деятельности организации.