Моя мама умерла в больнице. Имеет ли право больница отказать мне в предоставлении выписки из истории болезни на основании 323 ФЗ?

Имеют право отказать, поскольку медицинская карточка стационарного больного находится в архиве, и выдана она может быть только по запросу правоохранительных органов или суда, так как существует медицинская тайна.

В связи со смертью Вам выдали вероятно заключение, в котором и прописали от чего, в связи с какими заболеваниями. Выписка нужна просто как память, то откажут. Если в связи с обращением в суд, то ходатайствуйте в суде.