Должно ли физическое лицо-индивидуальный предприниматель доплачивать НДС при проверке налоговым органом за покупку муниципального имущества?

У меня вот такой вопрос. Приобретал на торгах муниципальное имущество, в договоре участвовал как физическое лицо, однако имел статус индивидуального предпринимателя. Спустя некоторое время налоговый орган провел проверку и доначислил мне НДС по сделкам с муниципальным имуществом. Должен ли я платить дополнительно этот налог, если я в свое время все оплатил муниципалитету в составе покупной стоимости, и если да, то удастся ли мне забрать у муниципалитетов излишне уплаченнй суммы в размере этого налога, какой иск подавать и куда, если на сегодняшний день я уже закрыл ИП? Спасибо!