Уточните, пожалуйста, какая взаимосвязь между Вашей работой по гражданско-правовому договору и федеральной доплатой? Федеральная доплата предусмотрена договором?
Если вы считаете, что вам убрали доплату неправомерно, то обращайтесь с жалобой в трудовую инспекцию Челябинской области, либо в прокуратуру по месту нахождения образовательного учреждения.