Почему начальник не подписывает заявление на примирение - что делать в такой ситуации?

Если речь идет об уголовном деле на стадии предварительного следствия, то это общая практика. Примиряться будете в суде.

Здравствуйте! В данном случае примирение должно быть именно в суде.

"Уголовно-процессуальный кодекс Российской Федерации" от 18.12.2001 N 174-ФЗ (ред. от 07.03.2017, с изм. от 16.03.2017)

УПК РФ, Статья 25. Прекращение уголовного дела в связи с примирением сторон

(в ред. Федерального закона от 05.06.2007 N 87-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Суд, а также следователь с согласия руководителя следственного органа или дознаватель с согласия прокурора вправе на основании заявления потерпевшего или его законного представителя прекратить уголовное дело в отношении лица, подозреваемого или обвиняемого в совершении преступления небольшой или средней тяжести, в случаях, предусмотренных статьей 76 Уголовного кодекса Российской Федерации, если это лицо примирилось с потерпевшим и загладило причиненный ему вред.

Индира, добрый вечер! Вы упомянули НАЧАЛЬНИК? О чем именно идет речь? Примирение сторон возможно на стадии следствия, но как правило, примирение сторон достигается в суде... Удачи Вам!