Могу ли я пожаловаться в Роспотребнадзор со своей личной электронной почты или же мне надо регистрироваться в ЕСИ.

Можете написать обращение со своей личной электронной почты, Роспотребнадзор обязан принять его в независимости от способа обращения, (59-ФЗ) и дать вам ответ в течении 30 дней. Также для уверенности можете прозвонить в канцелярию через пару дней и уточнить от какого числа и под каким входящим номер зарегистрировано сообщение, для дальнейшего контроля.