Что делать если понятой расписавшись в протоколе отказывается от своей подписи.

Требовать проведения почерковедческой экспертизы. Правда, если понятой своей рукой поставил только подпись свою, подписи может быть недостаточно для проведения почерковедческой экспертизы. Но другого выхода в данной ситуации нет.