При восстановлении трудовой книжки через пенсионный фонд, указываются ли в новой трудовой причины увольнения?

Если трудовая книжка восстанавливается, то значит восстанавливаются и все записи, которые были и места работы соответственно.

Восстановление трудовой происходит посредством оформления дубликата. В него вносятся все полученные сведения о прежней работе. Если в справке работодателя или в другом документе, подтверждающем стаж, указано основание для увольнения, то оно указывается и в дубликате.