Можно ли признать аукцион недействительным только по отношению к 1 лоту (земельному участку), а другой лот оставить?

Добрый день. Полагаю, что можно

если лоты были по отдельности тогда можно.

Если была существенно нарушена процедура проведения аукциона, то без разницы, какие там лоты - он полностью недействителен.