Можно ли выкупить долю сестры в коммунальной квартире с использованием материнского капитала и субсидии по программе Молодая семья?

Если у сестры отдельно выделена комната как помещение то можете

Для покупки доли в недвижимости на средства материнского капитала ПФР устанавливает ряд ограничений. Такая сделка может быть одобрена ПФР, если покупаемая доля в жилье представляет собой - изолированное помещение в квартире (пригодное для проживание) — одна или несколько комнат, либо если в результате покупки доли все жилое помещение полностью перейдет в собственность покупателя.

Каждый случай ПФР рассматривает индивидуально, но в случае отказа его можно обжаловать в суд.