Отказ прокурора в принятии мер прокурорского реагирования указывает на отсутствие нарушений трудовых прав работника?

Нет не означает. Прокуратура проводит проверку по факту изложенному в обращении. Кроме того прокуратура не является органом рассматривающим индивидуальные трудовые споры. Вы можете обратиться в трудовую инспекцию и в суд.