Необходимость и особенности оформления отпусков в сложной ситуации

Решение запутанной ситуации. После учебного отпуска 50 дн., я должен был получить справку вызов на 121 день со 02.03.2016 по 30.07.2016, (6 курс дипломное проектирование), но т.к. остались долги по учебе мне справку не дали, пришлось написать заявление на отпуск без сохранения з.п. на 2 недели, чтобы подтянуть долги, но за этот период долги сдал не все. С 15.03.2016 по 31.03.2016 я написал заявление на ежегодный отпуск (на имеющиеся на тот момент 16 дней), отпускные выплатили. 23.03.2016 я получил справку и позвонил в отдел кадров сообщить об этом. Мне сказали что заявление нужно писать на учебный отпуск на оставшиеся дни, после ежегодного отпуска. Я так и сделал и написал заявление с 01.04.2016 по 30.07.2016, приложил справку вызов и отправил почтой 27.03.2016. Скажите, т.к. во время учебного отпуска у меня были б.с. и отпуск ежегодный, не должны ли эти отпуска онулироваться так как справка дана с 02.03.2016 по 30.07.2016? и оплатиться в полном размере? Объясните пожалуйста. Спасибо.