Как развестись с гражданином Японии, если фактическое проживание не в Японии

Обращайтесь в мировой суд.

Ст. 23 ГПК РФ Мировой судья рассматривает в качестве суда первой инстанции: дела о расторжении брака, если между супругами отсутствует спор о детях.

Ст. 29 ГПК РФ Иск к ответчику, место жительства которого неизвестно или который не имеет места жительства в Российской Федерации, может быть предъявлен в суд по месту нахождения его имущества или по его последнему известному месту жительства в Российской Федерации.

Иски о расторжении брака могут предъявляться также в суд по месту жительства истца в случаях, если при нем находится несовершеннолетний или по состоянию здоровья выезд истца к месту жительства ответчика представляется для него затруднительным.

Елена, брак заключали в Японии?

Напишите письмо (заказное с уведомлением) в суд Японии.

Желательно на японском, (если не знаете, можно и по-английски).

Они Вам ответят.