Что делать, если при начислении зарплаты не учтены основные часы и каков срок перерасчета и выплаты?

Произвести расчет должны немедленно, это их вина.

Подайте заявление на имя руководителя организации о перерасчете зарплаты, а при отказе в течение 10 дней - иск в суд.

Сроки и иные условия выплат указаны в локальных актах работодателя (Положения об оплате труда, премировании и т.п.).