Купил авто по купли-продаже. И не ставил на учет около 3-х месяцев недавно умер хозяин авто. Как теперь мне лучше поступить?

Идите и ставьте на учет!переход право перешел при подписании договора

У Вас же есть договор купли-продажи, заключенный с хозяином. Спокойно ставьте на учет.