Наличие штрафов не с ГИБДД - это может послужить препятствием для замены водительского удостоверения по истечению срока действия?

Нет, не может.

нет такого закона нет! если отказывают составляйте заявление о выдаче прав и требуйте письменного отказа после отказ обжалуется так же лучше привлечь прокуратуру Удачи !