Может ли методист (основная работа) иметь внутреннее совместительство по должности зав. отделом с нагрузкой 0,5 ставки.

Добрый день! Может.

Это не запрещено трудовым законодательством. Работник вправе работать по внутреннему или внешнему совместительству у неограниченного числа работодателей.