Я Родился в 1988 в России и жил до 2001 г и мама моя гражданка РФ, в 2001 уехал в Литву имею гражданство Литовское по папе.

C Ваших слов, Вы являетесь гражданином РФ, если по заявлению/согласию родителей (о чем Вам может быть неизвестно) Ваше гражданство РФ не прервалось. То есть - у Вас два гражданства. Вы имеете право получить загранпаспорт РФ в консульсте РФ в Литве.