В 1999 г был суд, статья 158 часть 2, попала под амнистию, будет ли в справке указана судимость?

Юридически Вы уже не судимы. Но в справке о судимости будет информация о привлечении к уголовной ответственности. Из базы данных информация к сожалению не удаляется.