Нужно ли платить НДФЛ если брат продал квартиру сестре.

Да, полученная сумма все равно считается доходом. Еще один минус- налоговая откажет брату в возврате НДФЛ, если он имеет на это право (то есть имеет официальный доход). Необходимо было оформлять договор дарения.