Как оформить эту сделку: продажа предприятия как имущественного комплекса или продажа долей в Уставном Фонде ООО?

Эльвира, согласно ст. 93 ГК РФ и ст. 21 Федерального закона от 8 февраля 1998 г. N 14-ФЗ "Об обществах с ограниченной ответственностью" (далее - Закон об обществах с ограниченной ответственностью) участник общества вправе продать или иным образом уступить свою долю в уставном капитале общества либо ее часть одному или нескольким участникам данного общества. Согласие общества или других участников общества на совершение такой сделки не требуется, если иное не предусмотрено уставом общества.

Продажа или уступка иным образом участником общества своей доли (части доли) третьим лицам допускается, если это не запрещено уставом общества.

Вам необходимо заключить договор купли продажи долей в ООО если нет никаких препятствий.

А на практике это будет выглядеть как замена участников общества.

Удачи.